Cora Agnes Benneson dilahirkan pada 10 Jun 1851, di Quincy, Illinois, kepada Robert Smith Benneson dan Electa Ann Benneson (née Park). Robert ialah seorang ahli perniagaan tempatan, bekerja dalam pembangunan kayu dan hartanah, dan seorang ahli politik. Beliau berkhidmat sebagai alderman, datuk bandar semasa Perang Saudara Amerika (dalam masa itu dia menghalang bandar daripada menjadi muflis dengan membayar hutangnya dari poketnya sendiri), dan sebagai presiden lembaga pendidikan bandar selama 14 tahun. Electa adalah seorang pendidik dan dermawan. Kedua-dua Robert dan Electa adalah keturunan menteri, dan mereka membantu menubuhkan Gereja Unitarian di Illinois.[1]

Menurut penulis biografinya, ahli matematik dan ahli sosiologi Mary Esther Trueblood, Benneson dibesarkan di "sebuah rumah besar yang terletak di atas serangkaian teres, dikelilingi oleh pokok-pokok dan pokok renek, dan menawarkan pemandangan indah empat belas batu Mississippi".[2] Anak bongsu daripada empat beradik perempuan (dan sepupu yang dibesarkan oleh ibu bapanya), Benneson "merupakan seorang anak yang tegap, teratur, tepat, berdikari, bercita-cita tinggi, dan tabah".[3] Pada usia 8 tahun, Benneson sedang menulis dan menyunting majalah bersama adik-beradik perempuan dan sepupunya yang dipanggil The Experiment. Dia mahir membaca bahasa Latin pada usia 12 tahun dan "[mampu] memahami inti perdebatan" dan menahan diri dalam perbualan.[4]

Semasa zaman remajanya, ibu bapa Benneson melayan tokoh terkenal di rumah mereka, termasuk Amos Bronson Alcott dan Ralph Waldo Emerson; yang terakhir memberi inspirasi kepada kajian lanjut falsafah dan undang-undang Benneson. Benneson menamatkan pengajian sekolah menengah yang setara di Akademi Quincy pada usia 15 tahun. Pada tahun yang sama, beliau menyertai Friends in Council, kumpulan pembaca dalam falsafah yang terdiri daripada wanita Quincy terkemuka.[5] Apabila dia berumur 18 tahun, Benneson lulus dari Quincy Seminary; dia kemudian mengajar bahasa Inggeris dan gubahan di sekolah itu dari 1869 hingga 1872.[6]